Մարտունի քաղաքի Սուրբ Աստվածածին բազիլիկ եկեղեցու կառուցման ստույգ թվականը հայտնի չէ, սակայն նրա բակում պահպանված խաչքարերը թվագրված են 11-13-րդ դարերով, ինչից կարելի է եզրակացնել, որ այն գործել է նաեւ այդ դարերի ընթացքում: 1886 թվականին Սուրբ Աստվածածին ավեր եկեղեցին վերակառուցել են Արեւմտյան Հայաստանի Ալաշկերտ գավառի բնակավայրերից գաղթած եւ Մարտունիում 1830 թվականից ի վեր բնակություն հաստատած հայ ընտանիքները:
